在神经生物学研究中，采用高效液相色谱-串联质谱联用技术（HPLC-MS/MS）对脑组织总蛋白进行深度解析，犹如在分子海洋中展开一场精密导航。该方法通过两相色谱系统将复杂的蛋白混合物层层剥离：首先利用反相色谱柱根据蛋白疏水性差异实现初级分离，随后离子交换色谱进一步按电荷特性精细分馏，这种多维分离策略如同为蛋白组分绘制出精确的分子指纹图谱。
质谱检测环节采用高分辨率轨道阱分析器，其质量精度可达百万分之一，配合碰撞诱导解离技术（CID），能够将肽段碎裂成特征性离子碎片。这种"分子拼图"式的分析过程，通过二级质谱产生的b/y离子系列，可实现对氨基酸序列的逐字解码。数据采集采用数据依赖型采集模式（DDA），智能筛选丰度最高的母离子进行碎裂，确保低丰度蛋白仍能被有效捕获。
为保障分析可靠性，实验全程实施严格的质量控制：采用同位素标记内标校正仪器波动，通过保留时间校准消除色谱漂移，并设置空白样品监控背景干扰。原始数据经MaxQuant等专业软件处理，通过搜索引擎匹配UniProt数据库，运用机器学习算法进行假阳性率控制（FDR≤1%）。该技术不仅能鉴定出5000+种脑蛋白，更能通过标记定量技术精确定量不同生理状态下蛋白表达差异，为揭示神经退行性疾病的分子机制提供关键线索。
?
?
