干细胞能够分化成为机体内任何类型的细胞，既是研究人体早期发育的理想工具，也是细胞治疗的宝贵资源。细胞间差异和异质性是干细胞群体固有的基本特性。如果我们对一群细胞进行组学分析，这些关键的信息就会被掩盖。
单细胞测序技术是近几年备受关注的强大工具，可以在同种干细胞中全面剖析细胞异质性，鉴定不同表型的细胞。
单细胞基因组、表观基因组、转录组测序技术zui近发展得很快。这些方法被广泛用于不同的干细胞研究，促成了许多激动人心的新发现。汤富酬和文路的这篇文章以表格形式对各种单细胞组学测序技术进行了总结，着重介绍了这些技术在干细胞领域（包括多能干细胞和组织特异性干细胞）的应用。文章末尾还简单探讨了单细胞测序在干细胞领域的未来前景。
研究人员们将下一代测序和单细胞全基因组扩增技术结合起来，开发出了揭示突变等位基因的非整倍体测序与连锁分析(MARSALA)方法。该方法能够实现单分子精度的胚胎诊断，大大降低了假阳性或假阴性错误。
